El 11 de noviembre de 1859 el general Justo José de Urquiza, presidente de la Confederación Argentina, y Felipe Lavallol, gobernador interino de la provincia de Buenos Aires, firmaron el Pacto de San José de Flores que determinó que Buenos Aires se incorpore al resto de las provincias.
Ricardo Levene, en su obra Historia de la Nación Argentina, expone cada uno de los artículos de este Pacto. Si bien en su artículo 1º indica: “Buenos Aires se declara parte integrante de la Confederación Argentina, y verificará su incorporación por la aceptación y jura solemne de la Constitución Nacional”, no todo sucedió como se esperaba. El motivo es sencillo: Buenos Aires siempre pretendió tener en sus manos el manejo de los hilos del país, algo que se repite en los tiempos actuales. El federalismo, pese a que costara tantas vidas, se expone claramente en lo escrito, pero no sucedía ni sucede lo mismo en los hechos.
En el Pacto de 1859 Buenos Aires tenía la autorización para revisar la Constitución de 1853 vigente en las demás provincias. En el caso que decidiese introducir enmiendas a dicha Carta Magna, se convocaría a la reunión de una Convención nacional reformadora ad hoc. El gobierno de Urquiza, en tanto, previendo la posibilidad de futuros conflictos, agregó el artículo 6º en el Pacto, que dice puntualmente: “Interín llega la mencionada época, Buenos Aires no mantendrá relaciones diplomáticas de ninguna clase”. También se determinaba que si bien las propiedades públicas del Estado bonaerense seguían correspondiendo a la provincia, su aduana era excluida, de acuerdo con la Constitución Federal que establecía que las aduanas externas correspondían a la Nación.
Como consecuencia de lo pactado en San José de Flores, el gobierno de Buenos Aires solicitó al de Paraná la derogación de los derechos diferenciales al comercio, debido a que eran incompatibles con la nueva situación provincial asumida por Buenos Aires. El gobierno de la Confederación así lo dispuso por decreto del 24 de diciembre de 1859. En cambio, las autoridades porteñas se negaron a ceder su aduana al gobierno confederado, sacando ventajas una vez más.
Además, mantuvo el ministerio de relaciones exteriores y la provincia siguió manejando en forma directa su relación con los agentes extranjeros acreditados ante su gobierno durante 1860.
Como apuntábamos, Buenos Aires jamás tuvo entre sus objetivos ceder sus intereses para lograr un país federal.